根据《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法(试行)>的公告》(国家税务总局公告 2014 年第 67 号)第二十条的规定:“具有下列情形之一的,扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税:
(一)受让方已支付或部分支付股权转让价款的;
(二)股权转让协议已签订生效的;
(三)受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的;
(四)国家有关部门判决、登记或公告生效的;
(五)本办法第三条第四至第七项行为已完成的;
(六)税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。”
综上所述,贵公司的自然人股东的股权转让协议已在5月签订并生效,所以应在6月15日内向主管税务机关申报缴纳个人所得税。
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