根据国务院发布的《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九条规定:“企业应纳税所得额的计算,以权责发生制为原则,属于当期的收入和费用,不论款项是否收付,均作为当期的收入和费用;不属于当期的收入和费用,即使款项已经在当期收付,均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。”
根据《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告 2012 年第 15 号)第六条规定:“根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定,对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出,企业做出专项申报及说明后,准予追补至该项目发生年度计算扣除,但追补确认期限不得超过5年。”
综上,贵司应按照权责发生制原则,补缴的员工以前年度社保,如果追补确认期限不超过5年的,企业做出专项申报及说明后,准予追补至该项目发生年度计算扣除;超过5年的,则不允许追补扣除。
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